Los valores que estas cargando se reemplazan a mi parecer es porque no usas un array de los checkbox, crea un array y que almacene el valor que deseas por ejemplo.
Código PHP:
<input type="checkbox" name="precio[<?=$fila['id']?>]"value="<?=$fila['precio']?>" >
Siendo $fila['id'] y $fila['precio'], reusltados de uan consulta a tu BD.
como no manejas un array de esos valores se estan chancando.
Me parece que sucede eso, suerte y me comentas como te fue.