En efecto el IIS limita el tamaño maximo de subida de un archivo por seguridad ya que cualquiera podria subir un archivo muy grande y colgar el servidor, aqui te dejo 2 paginas que pueden ser de tu interes
IIS
http://japerna.blogspot.com/2007/06/...ize-limit.html
PHP
http://www.s3v-i.net/2008/07/16/supe...-con-htaccess/