Aleluya! encontre la respuesta y aca esta la solucion para todos aquellos que les pasa lo mismo. La respuesta es que el flash insertado en el template debe ser Relativo y no Absoluto. Entonces el codigo debe quedar asi:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000"
codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=8,0,0,24" name="flashmenu"
width="950" height="170" id="flashmenu">
<param name="movie" value="../flash/menuinternal.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="menu" value="false" />
<!--[if !IE]> <-->
<object data="../../flash/menuinternal.swf"
width="950" height="182" type="application/x-shockwave-flash">
<param name="quality" value="high" />
<param name="menu" value="false" />
<param name="pluginurl" value="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" />
FAIL (the browser should render some flash content, not this).
</object>
<!--> <![endif]-->
</object>
Es importante destacar que la primera mencion de la direccion del flash es "../" y la segunda la IE es "../../"
Suerte!