Hola que tal, tengo un par de meses trabajando con ubuntu en una maqui virtual, pase desde ubuntu 8.04 hasta la mas reciente que es la 9.04 (creo, a menos que ya alla salido otra version), aqui les dejo como configurar su proxy para poder trabajar con Add/Remove y con el Synaptic Package Manager sin ningun problema.
Código asi:
Ver originalconfigurar proxy ubuntu 9.04:
System->Administration->Synaptic Package Manager
luego seleccionar Settings->Preferences->Network
y ahi agregar su direccion proxy y el puerto
si ocupamos usuario y password, darle click a autenticacion, y agregar los campos correspondientes
para configurar apt-get:
abrimos la consola, y tecleamos:
cd /etc/
ya en la carpeta, la damos un sudo gedit profile y agregamos al final las siguientes lineas:
http_proxy=http://usuario:pass@nombreProxy:puerto
export http_proxy/
le damos guardar al archivo, y reiniciamos el sistema, y ya con ese empezara a funcionar. Ya lo cale yo y todo funciono perfecto.