Cita:
Iniciado por Ronruby 
^subcarpeta/seccion.php$
Escapa el caracter punto:
^subcarpeta/seccion\.php$
Creo que deberia funcionar.
Ya lo he probado antes pero no tuve suerte, además no estoy seguro de cómo debería enlazar desde el archivo HTML/PHP a esa ruta... ¿sería <a href="subcarpeta/seccion\.php">Link</a>?