En mi último proyecto me pasó algo parecido...
En mi caso tenía botones dentro del mc y al darle la orden no iban al frame que yo les daba.
Yo lo solucioné dándole la orden goto como siempre, pero en lugar de decirle el número de frame, lo hice con etiquetas, y de esta manera funcionó.
Espero que te sirva. Yo trabajo con el Flash 5.
Saludos y sonrisas