Código python:
Ver originalarchivo = "prueba.txt"
try:
f = open(archivo,"r")
except IOError:
f.close()
exit()
contenido = f.readlines()
f.close()
lista = []
lista_final = []
for numero in contenido:
lista += numero.split()
lista.sort()
set_lista = set(lista)
set_lista = list(set_lista)
set_lista.sort()
print "Valor:Ocurrencias"
for numero in set_lista:
lista_final.append((lista.count(numero), numero))
lista_final.sort(reverse=True)
print lista_final
Este es un pequeño código que hice rápido :p
Funciona en general para caracteres también, no tiene limite de lineas, ni de largo ni de ancho. Solo tienen que ir separa por espacios o tabs.