Hola!
Existen mil y una maneras de hacer lo que deseas pero todo depende de la practica que tengas utilizando los programas de diseño.
Puedes hacerlo como dijo
Rafael utilizando vectores en Ilustrator. Pero también tienes la libertad de hacerlo completamente "manual". Colocando las imágenes que deseas, re-dimensionando, distorsionando, borrando áreas y utilizando diferentes modos para las capas.
Debes de tener en cuenta el "Template" que ya tienes del CD, al no publicar por ejemplo, mas información sobre el template y la cantidad de imágenes, es un poco difícil para nosotros dar nuestra opinión sobre ello y de como colocar y modificar para lograr lo deseado.
¿Son 100 imágenes? ¿Son 2? ¿Son 10? De eso va a depender la creación del CD Cover que deseas.
Cita: Como una critica CONSTRUCTIVA, y sin ánimos de ofender, Puedes tener Photoshop & Ilustrator pero de nada vale si no hay practica. Siempre he dicho: "Olvidémonos de la dependencia de los plugins & brushes de Photoshop, vamos a crear desde CERO, luego le añadimos los plugins & brushes al final."