Hola:
Si es un popup, puedes programarlo desde el propio popup usando en el head algo así:
<script type="text/javascript">
timer = 10000;// milisegundos haste el cierre //
window.onload = setTimeout(window.close, timer);
</script>
Y desde la página que abre el popup:
ventana=window.open(...);
setTimeout(ventana.close, timer);
Saludos
