Voy a intentar explicar lo que el compañero te ha dicho:
Tu lees el fichero linea a linea, ¿no? (si no es así te recomiendo que le eches un vistazo a la clase BufferedReader) Cada vez que recuperes una linea, introduzcas esa linea en un ArrayList y posteriormente podrás recuperarlas una a una en el orden introducido. Por ejemplo:
Código:
BufferedReader bf = new BufferedReader(...);
ArrayList<String> cadenas = new ArrayList<String>();
String cadena = bf.readLine();;
while (cadena != null) {
cadenas.add(cadena);
cadena = bf.readLine();
}
// Para recuperar la primera cadena
String c1 = cadenas.get(0);
// Para recuperar un array de Strings
String[] cadenasString = cadenas.toArray(new String[0]);