Se me ocurre una forma en la que el código sería sencillo.
Utilizar "for x in" para recorrer el archivo, ir guardando cada línea en una lista, utilizar "for x in" en esa lista para ver si la línea que lees pertenece ya a la lista y por lo tanto es repetida.
El segundo caso es similar, podrías leer uno de los archivos hacia una lista (de líneas) y luego recorrer el otro, preguntando en cada línea si pertenece a la lista o no.
El problema es que, aunque se trate de código muy sencillo y solamente leas cada archivo una vez, en el "peor caso" (aquel en el que no hay líneas repetidas) estarías recorriendo la lista de líneas (sumatoria de 1 hasta 100000) veces, o lo que es lo mismo n(n+1)/2 veces, con n=100000.
Este número es nada más ni nada menos que 5000050000
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Saludos.