Los .jar que coloques en el Build Path del IDE són únicamente para cuando trabajes con el IDE, compilando clases o ejecutando las aplicaciones dentro del IDE.
Cuando quieras ejecutar las aplicaciones fuera del IDE, entonces tienes que poner los .jar en los sitios que dicen las especificaciones para el tipo de aplicaciones que estes haciendo. Como dice goncafa, en el caso de las aplicaciones web un sitio habitual es WEB-INF/lib, que es el sitio para las librerias propias de cada aplicacion.
S!
PD: Lo del ataque era obviamente un chiste
