Creo que sería parecido, pero tendrías que poner un rewritecond para cada combinación que pueda darse, y añadir un [L] al final de cada uno para indicar que si esa regla se cumple no siga buscando más abajo...
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine on
RewriteRule id-(.*)-(.*)-(.*)\.htm$ pagina.php?id=$1&var1=$2&var2=$3 [L]
RewriteRule id-(.*)-(.*)\.htm$ pagina.php?id=$1&var1=$2 [L]
RewriteRule id-(.*)\.htm$ pagina.php?id=$1 [L]
De esta forma, si detecta 3 variables, aplica la primera, si detecta 2 aplica la segunda y si detecta 1 la tercera.
