Yo cuando he tenido que trabajar con arboles en javascript he usado el siguiente:
http://destroydrop.com/javascripts/tree/
Es facil de usar y configurar. Veras que la forma de trabajar es creando un arbol un objeto arbol y luego se le va añadiendo "ramas" a traves de un función del objeto. Estas ramas las puedes escribir desde una pagina .NET para obtener contenido dinamico.