Hola:
Aquí tienes un ejemplo de cómo
firmar digitalmente el applet. En el ejemplo, tú mismo te creas la firma digital y luego firmas el Applet. Como los navegadores no te reconocen como alguien que pueda emitir firmas oficiales, el navegador mostrará al usuario un aviso para que diga si confía o no en tí. Si el usuario indica que sí, tu applet tendrá acceso a los ficheros e impresora, si el usuario dice que no, tu applet no tendrá acceso. Si no quieres que salga esta pregunta, necesitas conseguir una firma oficial emitida por alguna autoridad que reconozca el navegador y esas firmas cuestan y se renuevan cada año. Si buscas en el navegador, verás las autoridades que reconoce (en firefox, por ejemplo, están en herramientas->opciones->avanzado->cifrado->ver certificados->autoridades.
Aquí tienes un ejemplo de cómo
llamar desde javascript a métodos de un Applet.
Se bueno.