Realmente no es necesario para lo que quieres hacer usar array_sum. Algo simple sería:
Código PHP:
foreach ($_POST['CHKasigna_curso'] as $value)
{
$carne=$_POST[HDNCarne];
$con_comas = explode( "-", $value );
$total += (int) $con_comas[1];
}
echo $total;