pues pues, puedes hacerlo asi:
Código HTML:
<body>
<form name="formulario" action="cuenta.html">
<input type="text" name="reloj">
</form>
</body>
<script language="javascript" type="text/javascript">
faltan();
</script> luego del formulario agrega el script, para ejecutarlo, si lo agregas antes, te mandara error por que aun no se a formado la estructura del form, por eso, debes agregar el script de arranque luego de formar el formulario...