Migrar de un sistema no relacional a uno relacional.

[xcars]

Saludos amigos.
Tengo una inquietud, hay un sistema actual que no tiene relaciones hecho en visual foxpro, y se ha creado una version nueva y renovada del sistema en ambiente web (php mysql) con la base de datos relacional. El problema que estoy teniendo es en migrar la informacion, pues el sistema anterior el diseño varia muchisimo, y no he visto otra opcion mas que crear el mismo diseno en fox, pasar los datos ahi y luego intentar migrar, agradeceria muchisimo si alguien tiene alguna experiencia o proceso mas optimo para mi tarea.
Gracias