Holas
Creo que eso, en caso que se pueda y quede bien, habria que hacerlo en algun lenguaje como ser PHP, ASP, etc...
Es mejor y mas comodo creo yo, que crees algun tipo de BATCH que se conecte al FTP y te suba los archivos en tal dia a tal hora; pero no estoy al 100% seguro que esto sea posible.
Esperemos algun otro experto que nos de una idea... Saludos