No hace falta exportarlo a ningún lado para retocar, la exportación directa con la casilla de transparencia funciona bien, de hecho funciona mejor que primero exportar y luego hacer la máscara.
(Si alguien necesita los detalles técnicos con gusto.)
Para algún otro caso donde llegara a ser necesario, se puede cambiar el color del fondo del documento para que se integre a lo que vayas a necesitar.