Si tus checkboxes los generas automaticamente con php, entonces podrías usar una función parecida a esta...
Con un contador le imprimes un "id" a cada checkbox y ademas lo imprimes como parametro de la funcion actualizarTotal(id) de tal forma que la función pueda saber quien fue seleccionado y la variable de total no muera...
Ojo: No probé el código, pero algo así debería funcionar...
Código:
//Total de seleccionados
var seleccionados = 0;
function actualizarTotal(check) {
checkeado = $("#"+check).attr("checked");
if(checkeado) {
seleccionados++;
} else {
seleccionados--;
}
}
Código:
<input id="1" name="1" type="checkbox" onClick="actualizarTotal(1);" />