La respuesta es muy compleja y los datos que ofreces insuficientes como para poder darte una solución o tan siquiera una aproximación de una solución.
Si ere tú quien administra el sistema (el VPS) deberías poder analizar el problema y sus causas. Entiendo que con "me devuelve los correos entrantes de ciertos dominios" te refieres a que al remitente le llegan devueltos los correos que envía a dominios alojados en tu VPS). Sería interesante para tu análisis tener acceso a esos correos devueltos (sobre todo a sus cabeceras). No me extiendo más. Si eres el administrador de tu VPS debes saber cómo hacerlo (y si no sabes, has hecho muy mal alojando a tus clientes en un sistema adminsitrado por alguien que no sabe administrar sistemas).
Si careces de los conocimientos necesarios y tu VPS no es administrado por tu proveedor, lo adecuado sería que solicites ayuda/soporte a tu proveedor, quien te cobrará por ello.
