sucede que cuando se incluye codigo javascript directamente en el codigo HML, el validador tiende a entender que estas escribiendo HTML. es decir, el contenido del elemento SCRIPT es de tipo
PCDATA (Parsed Character DATA). de nuevo, en otras palabras el navegador interpreta su contenido como HTML. para corregirlo tienes que comentar el codigo o crear un CDATASection.
Código:
<script type='text/javascript'>
//<![CDATA[
codigo javascript;
//]]></script>
esto resolvera tu problema de validacion. sin embargo, presenta un fallo para navegadores con user-agent Apple WebKit (KHTML) donde tiene un bug en que no interpreta los CDATA Section. por tanto considero que lo mejor es utilizar comentario HTML.
Código:
<script type='text/javascript'>
//<!--
codigo javascript;
//--></script>