Ok, el proceso de exportación es exactamente el mismo que describio Scanjet
De cualquier modo tratare de ilustrarlo
Nuevo documento transparente, dibujas tu cuadro(yo lo dibuje en la misma capa), razterizas el cuadro, le bajas la opacidad a 30 y tu documento se ve algo asi
Despues lo guardas para web "Ctrl+Shift+Alt+S" con este formato(el formato que describio Scanjet

)
En la pantalla de exportación, se ve algo asi, si te fijas la transparencia esta bien guardada
Y pues ya. Abres el Swish. Digamos que tienes un fondo rojo y la pelicula es del tamaño del archivo que acabas de exportar
Entonces sigues la ruta File/Import y escoges el archivo que exportaste
Y ya
Espero haya sido de ayuda la ilustración de tu problema