Incluyendo en el raiz de tu sitio el archivo llamado robots.txt con el siguiente contenido, por ejemplo:
Código txt:
Ver originalUser-agent: *
Disallow: /php/cuerpos/
Es una directiva para que los crawlers no indexen la carpeta declarada.
Para referencia, podés consultar el sitio
robotstxt.org
Por otro lado, el uso de includes no agrega ni quita al PageRank. Este factor tiene que ver con la calidad y cantidad de enlaces a tu documento.