Si tu tienes un archivo en el servidor llamado xarchivo.rar y quieres que al usuario se le muestre el nombre archivo.rar, lo que debes hacer es lo que sigue:
descarga.php?archivo=archivo.rar (esto es la URI que necesitas para acceder al sript descargar.php)
en descargar.php haces lo que sigue:
Código PHP:
$archivo = "x".$_REQUEST['archivo'];
header("Location: http://tuserver.com/descargas/".$archivo);
De este modo forzarás la descarga del archivo ocultando su nombre para prevenir las descargas directas.