problemas con el unicode, acentos

[eulerss]

que tal, les explico rápidamente

tengo un archivo1.php el cual hace una consulta a una BD y me regresa unos valores, estos valores algunos tienen acentos y me los regresa bien, es decir si yo desde el browser veo mi archivo de la forma

archivo1.php?var1=3&&var2=4

me regresa por ejemplo árbol, agua, mamá, etc, mis resultados con acentos

cabe mencionar que en este archivo1.php le agregue la línea

header("Content-Type: text/html; charset=utf-8"); o
header("Content-Type: text/html; charset=iso-8859-1");

y en cualquiera de los dos funciona correctamente, incluso si no le pongo nada en el header, funciona correctamente, el problema viene cuando quiero llamar este archivo mediante ajax (en especifico usando prototype), el Ajax.Request me lo devuelve con el clasico cuadrito de que no reconoce el acento, alguien sabe porque? en mi archivo donde uso el prototype tambien contiene el header con el iso-8859-1

de antemano gracias por la ayuda