urls amigables no funcionan

[Avi]

Hola a todos! hace unos días estoy peleando con .htaccess para cambiar las url de mi sitio por friendly urls.

Despúes de muchas vueltas y varios tutoriales he logrado hacer esto,
tengo en el .htaccess la siguiente regla:
RewriteRule ^([a-z]+)/([a-z]+)\.php$ ?mod=$1_$2 [L]

y en los archivos php referencias de este tipo:
href="carpeta/archivo.php"

que resuelve en index.php?mod=carpeta_archivo,
y en la barra de navegación aparece: (los espacio en blanco son solo para poder publicar este tema)
http: // www . midominio . com / carpeta / archivo . php

hasta aquí todo genial...
ahora viene mi problema, cuando intento ingresar a cualquier otra página,
la referencia que obtengo es del tipo
http: // www . midominio . com / carpeta/carpeta/archivo.php

Es como si "concatenara" parte de la dirección.... No sé donde está el fallo...

Desde ya les agradesco cualquier sugerencia....
saludos!