Dos opciones:
1) tras vaciar la tabla de MySQL (es esa tu base) y antes de importar, haces esto:
ALTER TABLE nombretutabla AUTO_INCREMENT = 1;
y volverá a empezar por 1
Luego importas.
Pero lo tendrás que hacer con todas tus tablas
2) Si, como dices, vas a borrar todo, tal vez te compense usar TRUNCATE TABLE nombretabla, que hará el delete from... y reiniciará el auto_increment. Así pues, en lugar de hacer el delete from y luego la opción anterior, directamente haces el truncate table nombretabla y ya está.
mira aquí:
http://mysql.conclase.net/curso/index.php?sen=TRUNCATE
Haz algunas pruebas.