No te preocupes marangob.
Por que debes ejecutar mysql -u root desde bin?
Por que es en este directorio donde existe el comando que tratas de ejecutar. Es por esto, que la primera vez que lo intentaste recibiste un mensaje que el comando no es reconocido por windows.
La sentencia update que te propone omar1977 es para actualizar la tabla de mysql que controla los usuarios. Esta tabla se llama user y tiene un campo llamado password. (que es el que quieres modificar).
Te recomiendo este manual para que empieces a aprender mysql.
http://mysql.conclase.net/curso/index.php
Un saludo y exitos.