Ya he conseguido ordenarlos, pero no consigo meterle la jerarquia, es decir, una tabulación si tiene padre, dos tabulaciones si tiene padre y su padre también...
Al final he utilizado este código que es basicamente lo que me dijiste, pero he perdido la jerarquia, una cosa que antes tenía, pero al ser un ArrayList no consigo.
Cita: public static void Ordenado(Folder folder,Store store) throws MessagingException, IOException
{
Folder [] listaCarpetas = folder.list("*");
ArrayList lista = new ArrayList();
for (int i=0;i<listaCarpetas.length;i++)
{
lista.add(listaCarpetas[i].getFullName());
java.util.Collections.sort(lista);
}
for (int j=0;j<lista.size();j++)
System.out.println(lista.get(j)+"\n");
MensajesCarpeta(store);
}
Gracias