tener 1 carpeta por pagina
...
yo pondría por ejemplo el index y luego un par de carpetas digamos llamadas docs (paginas) y img (imagenes).
www
|___index.html
|___docs (carpeta)
|_______pagina1.*
|_______pagina2.*
|_______paginax.*
|___img (carpeta)
|_______logo.gif
|_______foto1.jpg
|_______foto2.jpg
en el index tus enlaces serian del tipo...
<a href="docs/pagina1.html"...
y para hacer referencia entre paginas al estar en el mismo nivel/carpeta...
<a href="pagina2.html"...