Saludos, la verdadera razón de que aparezcan esos popup es por cosa de tu hosting que será gratuito por lo que te incluirán publicidad sino en forma de banners pues en forma de popups como es tu caso. Al igual que te han comentado antes, revisa tu codigo fuente en busca de algun script, si quieres que mire alguna de tus webs que dices "infectadas" pon alguna de las url.
