Gracias Pablisho por tu comentario, me ha quedado claro lo que me comentas. Mi pregunta ahora es: ¿Porque se habrá perdido el PR de esas páginas?
Le he preguntado que me diga como lo ha escrito y me ha dicho que ha puesto esto por cada redirección: "redirect 301 /url_antigua.php http://www.dominio.com/url_nueva.php"
Mirando cómo se hace los redireccionamientos, he visto que se utiliza RewriteRule. ¿Puede ser por esto, o es otra cosa lo que está haciendo mal?
Gracias!!