No puedo usar una carpeta común ya que el include es de un prefabricado que a su vez hace más includes y se va ramificando... o sea al final tendría que andar tocando código para que funcione en todos los casos
De todas formas ya probé lo del chown -Rf a la home del usuario A y he dejado los dos sitios web con el usuario B, así parece que funciona
aunque dejé de tener acceso por FTP a la cuenta del usuario A, ahora tengo que entrar con la del B a los dos sitios... pero bueno, no es mucho inconveniente. Al final ni cambiar el usuario de apache ni nada, sólo con el chown parece que se soluciona
No sé si será la mejor solución, pero al menos está funcionando de una vez
Un saludo