Primero, snort está en el repositorio CentOS Extras, por lo que deberías instalar desde ahí (usando yum) en lugar de arriesgarte a compilar cosas por tu cuenta. Más info en
mi manual.
Segundo, los archivos .h (también llamados "headers" o "cabeceras") generalmente están en los paquetes "-devel". En este caso, deberías instalar el paquete mysql-devel (un simple "yum install mysql-devel" es suficiente).