Buenas,
Yo creo que el problema es porque las etiquetas que estan dentro de <table> como por ejemplo <tr> dificilmente vas a poder descartarlas con una expresión regular. La solución fácil es leer el archivo linea a linea y aplicar la expresión regular que ya tienes, pero descartando todas las lineas que estan dentro de <table>...</table>
saludos