Mira este link.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/load-data.html
Con el load data infile puedes importar en una tabla el contenido de un archivo.
Mira especificamente esta parte:
Cita: LOAD DATA INFILE 'file.txt'
INTO TABLE t1
(column1, column2)
SET column3 = CURRENT_TIMESTAMP;
Fijate que es posible insertar solo algunas columnas de la totalidad de los campos de la tabla.
Phpmyadmin en la opción exportar, tiene una opción de realizar la exportacion/importacion con load file.
Mira este link también te puede ayudar.
http://www.packtpub.com/article/impo...ing-phpmyadmin
Un saludo.