abre un archivo, lo recorre fijándose línea por línea que el e-mail no sea un alias ni esté vacío...de estar todo ok lo guardas en otro array que luego guardas en tu archivo nro 2 ?
es fácil de hacer y te recomiendo que uses algunas expresiones regulares para hcer las comprovaciones del e-mail, son muy fimples de usar...
Ecá un vistaso a los tutoriales de
www.perlenespanol.com que tienes uno sobre archivos y otro sobre expresiones ;)
Saludos