personalmente no use nunca el swih y no se como funciona, pero el problema me parece que esta cuando exportas, ya que photoshop te acopla las capas y la capacidad de transparencia se pierde. (te la transforma en una capa o imagen solida)
esto si estas exportando la imagen como jpg, bmp, gif, etc.
pero si el swih te deja exportar el psd o la capa transparente, tendria que respetar la opacidad y la transparencia de la capa.
espero me hayas entendido, aunque lamentablemente no pude aportar una solucion
suerte y saludos !!!
JLFrata