Una opción, es utilizar
winRAR,
7zip (
tutorial SFX),
IZArc, etc (un programa compresor combinándolo con parámetros o con plugins) para crear archivos autoextraíbles (.exe). no sería un instalador real, pero creo que te podría servir para descomprimir archivos en carpetas específicas y también admite contraseña.
Otra opción, por ejemplo, es usar
NSIS para crear un paquete de instalación (para crear el script de instalación también puedes usar un asistente:
HM NIS Edit).
Puedes encontrar más información el la página de
NSIS
Otro instalador es
Inno Setup