@Pavlox, es muy dificil llegar a saber como es que debe funcionar tu función o qué tareas debe realizar. A simple vista, yo te diría que revises y consideres, en primer lugar, el uso de
do...while versus
while, ya que allí podría estar el error. Luego, veo que la misma variable $dependencias siempre pasa como parámetro en cada recursión, sin modificarse. Es eso correcto?
Debes apagar el monitor por un par de horas, sentarte en una mesa con lápiz y papel, y pensar en la lógica de la función que deseas hacer, hacer el planteamiento, y una vez que tengas la secuencia correcta del proceso, plasmarlo en código.
Cita:
Iniciado por franco190453 
La llamada a la misma funcion es mejor crear otra funcion para no enredarse.
Replantea lo que quieres hacer para rediseñar todo de nuevo, ya que se
ve muy confuso!!!.
Pero justamente la definición de recursividad en una función es la capacidad de autoinvocarse, creando un ciclo que si está bien planteado llega a un punto de corte en el cuál se empiezan a retornar valores progresivamente hasta llegar a la primera invocación.
P.D.: @franco190453, por qué siempre escribes dando saltos de línea a tus mensajes?