No acabo de pillar como hacerlo, ya que si hago esto me sigue haciendo las dos cosas a la vez:
Código PHP:
opacity=fadeOut('foto',100);//opacity vale 0
document.foto.src=ruta+album[thisImage];
if(opacity==0)fadeIn('foto',0);
EDITO: Vale, ya lo he conseguido he puesto que el fadein se ejecute en el onload de la imagen. GRACIAS!