Google es lo suficientemente "inteligente" como para saber cuáles son las secciones de tu sitio, y cuáles las páginas más importantes, por lo que los cambios que mencionas no creo que hagan una diferencia en cuanto al posicionamiento.
Pero desde la semántica, es más correcta la segunda estructura que planteas.
Lo mismo se aplica a tu pregunta sobre el orden de los Hs. Para los que se manejan bien con el inglés, les dejo un
video de Matt Cutts hablando de esto ;)