en mi opinión, si usaras 3 tablas (una de usuarios, otra de ejercicios y otra de respuestas).
usuarios -> respuestas ->ejercicios
en la tabla ejercicios almacenas los ejercicios en sí con una id de ejercicio, en la de usuarios cada usuario con su id de usuario, y en respuestas almacenaría la id de ejercicio, la id del usuario y la respuesta del usuario...
pero no sé si será la mejor forma, ya que soy bastante novato en aplicaciones al mundo real