Wenas
No te entidno demasiado bien lo que quieres hacer, pero desde javascript puedes llamar a java para que actualice la bbdd.
Con dwr.
http://directwebremoting.org/
La idea es, mas o menos, crear funciones javascript que se ejecutan directamente en java. Asi tu podrias llamar desde javascript a un metodo java directamente que se encargaria de actualizar la BBDD.
Saludos.