¿No habéis pasado por la página de
Mikmoro?
www.araudi.net
Entre sus aportaciones/creaciones tiene un ejemplo de lo que estáis tratando basado en mootools:
http://www.araudi.net/efecto_mootool..._mootools.html
No es exactamente "reemplazar los frames" lo que hace, sino "simularlas", pues todo el contenido se halla en el mismo html.
No se hasta qué punto os pueda servir como referencia a lo que estáis tratando.