Hola
en primer lugar un servidor si se puede reiniciar, informando a los usuarios que de tal a tal hora no habra servicio,
si no eres el unico administrador de la red has preguntado si no tienen un backup de estos archivos??
tambien verificar si algun usuario que utilizaba estos files no tiene una copia en su pc??
En cuanto si existe algun programa.... no lo se!!
espero que otros foreros sepan de alguno
p.s. no te preocupes, tantos de nosotros hemos pasado por un problema similar
ahh lo importante es que tambien debes definir bien los permisos para evitar que esto suceda otra vez!!