Si lees el link que te di, verás que register() fue implementado en la versión 0.5 para integrar todas los métodos que "registran" algo, al igual que configure() para los que sirven para establecer configuraciones del script. Es mejor que uses los nuevos, pues en nuevas versiones (si es que hay) tal vez esos métodos antiguos obsoletos (como registerFunction) dejen de existir y tendrás que modificar todo el script.
Es lo mismo que pasa con muchas directivas de PHP, como register globals o magic quotes, que van a desaparecer recién en PHP6, pero que fueron obsoletas desde mucho antes.
