appending text en un archivo (pero no al final)

[Trulala de cordoba]

Debes tener algun problema con el formato del archivo, fijate que por ejemplo lees StreamReader podes especificar el tipo de Encoding a usar:

StreamRead xLector = New StreamReader("texto.txt", Encoding.Default)

Proba así o cambiando el tipo de encoding

Con respecto a leer texto justo a la mitad tenes varias opciones. Una de ellas es guardar el archivo en un vector, averiguas el tamaño del vector y podes ir recorriendo el vector hasta la mitad del mismo y vas guardando el texto en otro archivo o variable

string[] xLeer= File.ReadAllLines(ruta);

Esta es una de las tantas formas